雪咤
07-03·全栈工程师·5年+
Demis:AI for Science 是十年核心赛道
虚拟细胞需要什么技术栈
Demis说终极目标是做"虚拟细胞"——一个完整运作的细胞模拟系统,研究人员可以在上面做实验扰动观察结果,作为在这个方向干了三年的人,说说要实现这个目标到底需要什么技术栈,想入行的朋友可以对着准备。首先最底层还是深度学习基础,Transformer、GNN、扩散模型这些必须熟,AlphaFold 3就是基于这些架构做的,但光会通用深度学习还远远不够。第一,你得懂分子模拟:分子动力学(MD)、蒙特卡洛方法、自由能计算,这些是计算生物的基本功;第二,你得懂生物知识:结构生物学、生物化学、细胞生物学,不用你会做实验但基本概念得懂,不然你连问题都定义不清楚;第三,几何深度学习,因为生物分子都是三维结构,等变神经网络、SE(3)Transformer这些是现在的主流;第四,多尺度建模,从原子到残基到分子到细胞器到整个细胞,不同尺度建模方法完全不一样;第五,高性能计算,分子模拟非常吃算力,CUDA优化、并行计算是必备技能。大家也不用被吓到,不需要你所有都精通,找到一个细分方向深耕就行,比如就做蛋白质结构预测,或者就做分子对接,或者就做AI辅助分子动力学采样,任何一个点做深了都不愁工作。另外说个很多人忽略的点:这个方向非常看重开源贡献,你要是能给AlphaFold、OpenMM、RDKit这些知名开源项目提交PR,比你刷十道LeetCode管用多了。想知道更具体学习路径的可以评论区问。
发布于 广东
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